异功散是钱乙所创，源于《小儿药证直诀》。钱乙是北宋著名的医学家，被后世誉为儿科之圣，幼科之鼻祖。钱乙创制的幼科补剂六味地黄丸、治小儿肺盛气急喘嗽的泻白散，治小儿心热的导赤散，治寄生虫病的使君子丸现在还都是临床常用的方剂。其中异功散就是在四君子汤的基础上加入了陈皮而组成的治小儿消化不良的方剂。
脾主运化，为后天之本，人体各脏腑器官的生理功能都要依赖脾运化的水谷精微来维持。四君子汤甘温益气，健脾养胃，是健脾补气的基础方。方中参术都有较强的补益脾胃的作用，但终究是滋腻之品，吃多了反而会增加脾胃负担，虽然方中加入了渗淡和中的茯苓辅助白术，补中和胃的甘草辅助人参，有补气健脾而不滞腻的效果。但小儿“五脏六腑，成而未全，全而未壮”，滋腻之品的影响较成人会表现得更加明显。陈皮辛散苦降，温和不峻，偏于理肺脾之气，不但有理气燥湿的作用，四君子汤中加入陈皮有助于参术之健脾益气，再加入生姜、大枣调和脾胃，增强了行气和胃的作用，使温而不燥，补中有行，补而不滞，是该方的点睛之笔。全方对于小儿气虚兼有气滞的呕吐泻下、脾胃虚弱、不思饮食等有很好的治疗效果。如果再加入半夏，称作六君子汤，增强了理气化痰止嗽的作用。
四君子汤善于补气，但容易出现虚不受补的状况，加入陈皮后在补气的同时增强了行气的作用，能推动所补之气运行，非常适合于脾虚兼有气滞、稍微服用补药就引起腹胀食少的人，尤其适合于脾虚气滞导致的小儿消化不良。四君子汤补中益气，健脾养胃，在增加了陈皮后增加了特殊之功效，故名异功散。